孔径是指填料颗粒的孔或腔的平均尺寸，常见范围是100～300?，多孔色谱填料与目标物的作用绝大部分（＞95%）是发生在填料颗粒的内部，即孔内的，所以孔径对于色谱填料而言也是最重要的参数之一。一款填料孔径大小和孔径分布，在绝大多数的色谱分离纯化中，起到关键性作用。