MMC配基与目标蛋白之间存在多种相互作用模式，包括疏水作用、静电作用以及氢键作用等。

MMC介质的配基密度较高，且具有非盐依赖吸附特性，并可通过调节pH来实现蛋白的有效洗脱。

蛋白可与MMC介质所偶联的疏水基团和离子交换基团共同作用：当离子强度较低时，静电相互作用起主导作用；当离子强度较高时，则疏水相互作用占据主导作用；中等离子强度时，疏水和静电可能共同作用。

蛋白的洗脱通常有两个途径：当以疏水结合为主导时可以通过降低洗脱液pH，通过蛋白和配基之间的静电排斥作用来实现洗脱；当静电结合为主导时，则可通过增加离子强度从而减弱静电相互作用，实现蛋白的洗脱。